La principal diferencia entre los balnearios es   el agua minero-medicinal que poseen, ya que de ella dependerá los  tratamientos que pueden ofrecer. Pero la calidad de la instalación  también   depende de la limpieza de las instalaciones, el servicio médico  (atención, control, tratamientos...), el trato personal de los  empleados...   Todo esto logrará diferenciar la calidad de los balnearios.
Desde 1928, existe un Real Decreto que regula la explotación de   manantiales y aguas minero-medicinales. Muchos de los artículos  continúan en vigor, sin renovarse, salvo en las comunidades autónomas  que lo   han legislado. Estas son: Cantabria, Castilla-La Mancha, Extremadura,  Murcia, Cataluña y Galicia, aunque sólo las dos últimas han creado   normas para el control semestral o anual de las características  físico-químicas y microbiológicas de las aguas.
Son los   propios balnearios los que realizan los controles sanitarios de sus  instalaciones, ya que la Administración realiza a lo sumo uno o dos al   año. Este autocontrol por parte de los balnearios, se debe a que son los  responsables de la calidad de sus instalaciones, y deben evitar y   controlar cualquier contaminación. Pero ello crea una situación en la  que no existe homogeneidad en los controles realizados por los   balnearios (punto de muestreo, periodicidad...) para detectar posibles  contaminaciones o cambios en las propiedades de las aguas minero-  medicinales. Es decir, algunas instalaciones aseguran realizar controles  semanales o quincenales mientras que otras los realizan cada de   manera semestral o anual. Lo que es seguro es que todas cumplen las  normas de calidad higiénico-sanitaria que Sanidad obliga a tener. Para   ello el Instituto de Calidad Turística Española (ICTE) a petición de la  Asociación Nacional de Balnearios ha creado la marca Q, diferenciando   la calidad de los balnearios españoles.
La legionella es uno de los principales problemas de lugares que poseen  torres de   refrigeración, instalaciones termales y condensadores evaporativos. El  Real Decreto 909/2001 establece criterios higiénico-sanitarios para que   la legionella no aparezca. Los balnearios deben cumplirlo, adecuando sus  instalaciones a la norma, y llevando un registro de las operaciones   de mantenimiento.