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La contaminación en las piscinas puede darse por dos factores principales: suciedad transportada por los bañistas, o por un deficiente mantenimiento tanto del agua como de las estructuras del estanque. Muchos individuos asumen, erróneamente, que los mayores problemas de contaminación en las piscinas tienen lugar únicamente en las piletas públicas, pero los microorganismos y sustancias indeseadas se encuentran en todo tipo de estanques sencillamente por la presencia de los bañistas. Los elementos de excreción, la saliva, las cremas o protectores solares, el pelo, sudor las grasas y amonia ensucian la piscina levemente pero si esa suciedad “simple” no se elimina, la misma se torna más pesada contaminando más fuertemente el agua. Los contaminantes más comunes en los natatorios son los demonizados “disueltos”, éstos proceden de la orina y el sudor, ambos contienen urea y amonio como queratina en altas concentraciones.

El problema que los contaminantes disueltos ocasionan es que los mismos se descomponen durante el proceso de oxidación quedando en el agua y por eso debemos contar con un filtro que trabaje de manera óptima. Para evitar este tipo de contaminación en las piscinas es necesario utilizar cloro y complementarlo con desinfectantes. Sus cloraminas reaccionan con el amonio y la urea eliminando ambas sustancias en el sistema de purificación y renovación gradual del agua; el cloro es uno de los productos más eficientes a la hora de eliminar bacterias y otros microorganismos. En caso de que la contaminación a la que estemos sometidos únicamente se base en una proliferación de algas, recurriremos a los ya conocidos alguicidas; quitar las algas del estanque no es simplemente una cuestión estética, si no llevamos a cabo esta tarea la situación se agravará y no sólo se limitará a afectar el agua sino las paredes como superficie de la pileta.